இலங்கையின் யாழ்ப்பாண மாவட்டம் போர்த்துகீசர்களின் படையெடுப்புகளுக்கு ஆட்கொள்ளப்பட்ட போது 1618 ஆம் ஆண்டு பிலிப் டி ஒலிவேராவின் கண்காணிப்பின் கீழ் கட்டப்பட்டதே யாழ்ப்பாணக் கோட்டை ஆகும். குருநகர் என்ற கரையோர கிராமத்தை அண்மித்ததாக யாழ் கோட்டை நிர்மாணிக்கப்பட்டுள்ளது.

1795 ஆம் ஆண்டு ஆங்கிலேயர்களால் இந்த கோட்டை கைப்பற்றப்பட்டது. 1948 ஆம் ஆண்டுவரை பிரித்தானிய காலனித்துவத்துக்கு உட்பட்டதாக யாழ் கோட்டை காணப்பட்டது. இலங்கையில் காணப்பட்ட ஒரேயொரு இராணுவ கோட்டை இதுவாகும். கோட்டை அரணுக்குள் அரச மற்றும் இராணுவ கட்டடங்கள் மாத்திரமே காணப்பட்டன. இலங்கை இராணுவத்தின் கட்டுப்பாட்டிற்குள் இந்த கோட்டை காணப்பட்டது.

ஆளுநர் மாளிகை (King’s House), Queen’s House, வழிபாட்டு தலம், மைதானம், பொலிஸ் குடியிருப்புகள், போர்துகேயர்களுக்கான சில கட்டடங்கள் என்பன யாழ்ப்பாணம் கோட்டைக்குள் காணப்பட்டன.